据ThePhoblographer报道，目前仅有6支镜头完全支持索尼A99的102点自动对焦系统。这6支镜头是：
- Vario-Sonnar T*24-70mm f/2.8 ZA SSM
- 50mm f/1.4
- 28-75mm f/2.8 SAM
- 70-400mm f/4-5.6 G SSM
- 500mm f/4.0 G SSM
- 300mm f/2.8 G SSM II
索尼A99拥有19点AF传感器（其中11个十字对焦点），以及102点焦平面相位检测对焦传感器，两种对焦传感器的配合提供了称为“AF-D”的对焦方式。在AF-D模式下，A99的19点AF系统配合102点传感器相位对焦系统，可以获得对运动物体持续准确的对焦，并拥有自动对焦范围控制功能（将自动对焦范围限定在某一区域）。
根据索尼官网的介绍：“目前以下镜头支持AF-D 模式和自动对焦范围控制上的区域辅助显示功能：Vario-Sonnar T*24-70mm F2.8 ZA SSM, 50mm F1.4, 28-75mm F2.8 SAM, 70-400mm F4-5.6 G SSM, 500mm F4.0 G SSM, 300mm F2.8 G SSM II 镜头。”
也就是说，目前只有上述6支镜头完全支持A99的双AF系统。在使用其他镜头时，A99的19点AF系统依然可以正常工作，但不支持AF-D模式（双AF传感器配合工作）。此外，自动对焦范围控制功能依然有效，但不支持区域辅助显示功能。
